奶源标准最低集中指向“菌落总数标准的放宽”和“蛋白质标准的降低”上——“蛋白质含量由原标准中的每100克含2.95克，下降到了2.8克，远低于发达国家3.0克以上的标准。而每毫升牛奶中的菌落总数标准却由原来的50万上升到了200万，比美国、欧盟10万的标准高出20倍。奶源质量差，不可能做出好的奶制品。”王丁棉说。
针对卫生指标中生乳细菌数允许最大值为200万个/毫升，有人认为生乳的降低标准对最终产品的质量没有多少影响。因为“标准化”可以通过杀菌让细菌指标符合最终产品的要求，可以添加蛋白质来调整。“虽然生乳的标准会在一定程度上影响到最终产品质量，但是消费者关键要看的，还是最终产品的标准。比如UHT(超高温瞬时灭菌)的标准，巴氏奶的标准，这才是与消费者最有关系的。”朱鹏说。
中国疾病预防控制中心营养与食品安全所研究员刘秀梅认为，生乳作为原料乳，消费者不会直接饮用。生乳中的菌落总数最大允许值是200万CFU/毫升，并不代表每一批生乳都是这样的，为进一步鼓励奶牛科学饲养，将推进生乳收购“按质论价”的进程。农业部正在着手制订生乳分级标准，引导乳品加工企业合理使用不同等级的生乳生产差异化乳品。婴幼儿配方奶粉使用的是最高级别的原料，不会影响后续加工。
但奶源的标准之殇似乎没有那么简单，因为灭菌处理后，“有耐高温的菌，以及细菌产生的毒素、代谢物甚至细菌尸体本身，并不被加热破坏、消灭，并且会保持活性。在牛奶这样本身富含营养的条件下，碰上适当的湿度和温度和氧气，甚至可以出现微生物，比如生虫、霉变等。”王丁棉说。另一方面，细菌含量超标，需要更高的灭菌温度和更长的灭菌时间，这些会造成生乳中的热敏感物质如维生素的破坏。因此，对于婴幼儿配方奶粉，通常在灭菌后添加维生素等热敏感成分来保证奶粉中营养成分符合配方奶的标准。
奶粉营养标准
不是强制性标准，国际通用
“在母乳的代用品——婴幼儿奶粉的最终产品营养标准上，全世界都遵循CODEX标准。”郦韬珉说。CODEX标准是由联合国世界卫生组织(WHO)和食品与农业组织(FAO)共同定期制定的一系列食品标准。它在配方奶粉营养成分的组成和含量，卫生学标准如农药和杀虫剂的残留量，致病菌的检测，以至于包装和标签的表述上有严格的要求。“这是推荐性标准，不是强制性的标准，营养标准没有强制性。”
“与中国对乳制品制定国家性标准相比，欧美国家国内婴幼儿奶粉生产更多使用的是企业标准，由专门的食品检验、技术监督部门进行备案和追踪，对企业标准进行审核、监督。而国际婴幼儿奶粉贸易遵循的是ISO和IDF乳业检测方法标准。”郦韬珉比较中外标准的差别说。
王丁棉也同意，在婴幼儿奶粉相关的执行标准中，国家与国家之间存在差异性，但这种差异“只是个别性、选择性项目上的波动，不会太离谱。”王丁棉举例日本国内使用的婴幼儿奶粉标准与日本出口到中国的婴幼儿奶粉标准是不一样的，但不违背通用的必须营养标准。“全球婴幼儿奶粉的营养指标基本一致，可以添加的营养元素也是经过大量的临床证据和科学论证的，各个国家在不违背通用标准的情况下，在配方上会做出适当调整。”
“婴幼儿奶粉的安全标准非常严格，这是全世界都认可的。对于各种营养成分的允许最低量和最高量，比例等都有限制，对微生物指标的限制也非常严格。”朱鹏说。
“去年国内整个乳品行业压缩了45%，关闭了一些技术、规模不行的中小乳品企业。”南庆贤对国产婴幼儿奶粉的质量持肯定态度，他认为目前对国内婴幼儿奶粉的不信任更多是出于心理作用而非理性认知。“无论是设备、技术、资金规模等，中国奶粉并不比国外奶粉差。很多企业有自己的收奶标准，它们不会铤而走险破坏自家名誉。”